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Thomas A. Anderson (Keanu Reeves) de día es programador informático y por las noches un hacker que utiliza el alias de Neo. Se pasa la vida buscando a una persona, Morfeo (Laurence Fishburne), y la respuesta a una pregunta: ¿Qué es Matrix?.

Morfeo y los suyos, al darse cuenta de que sus enemigos están buscando a Neo, deciden entrar en contacto con él. Otra hacker, Trinity (Carrie-Anne Moss), le conduce hasta Morfeo y la respuesta que busca. Pero para obtenerla debe renunciar a su vida anterior y a todo lo que había conocido antes. Acepta y se traga la pastilla roja (en vez de la pastilla azul, que supondría quedarse donde está).

Neo descubre que el mundo en el que creía vivir no es más que una simulación virtual a la que se encuentra conectado mediante un cable enchufado en su cerebro. Los miles de millones de personas que viven (conectadas) a su alrededor, están siendo cultivadas del mismo modo para poder dar energía a las máquinas. Esta ilusión colectiva (o simulación interactiva) es conocida como Matrix.